Sesuai dengan Peraturan Walikota Nomor 127 Tahun 2017 tentang Susunan Organisasi, Kedudukan, Tugas, Fungsi dan Tata Kerja Sekretariat Dewan Perwakilan Rakyat Daerah Kota Yogyakarta, Sekretariat DPRD Kota Yogyakarta merupakan unsur pelaksana penyelenggaraan pemerintahan daerah dengan susunan organisasi sebagai berikut: