Berdasarkan Peraturan Walikota Yogyakarta Nomor 127 Tahun 2017 tentang Struktur Organisasi, Kedudukan, Tugas, Fungsi, dan Tata Kerja Sekretariat Dewan Perwakilan Rakyat Daerah Kota Yogyakarta, Pasal 3, Sekretariat DPRD merupakan unsur pelaksana Pemerintah Daerah di bidang pelayanan administrasi dan pemberian dukungan terhadap tugas dan fungsi DPRD. Sekretariat DPRD dipimpin oleh Sekretaris DPRD yang berkedudukan di bawah dan bertanggungjawab kepada Walikota Yogyakarta melalui Sekretaris Daerah.